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Depois de Frédéric Kuhlmann e Charles Delezenne, Pasteur foi um dos primeiros na França a estabelecer relações frutíferas entre o ensino superior e a indústria química. Entre 1854 e 1857, seus trabalhos em Lille, sobretudo os feitos a pedido do industrial Louis Bigo na destilaria de beterraba sacarina dele em Esquermes, levaram à apresentação de seu Mémoire sur la fermentation appelée lactique à Sociedade de Ciências, Agricultura e Artes de Lille em 8 de agosto de 1857. Em 1857, foi nomeado administrador responsável pela direção dos estudos da Escola Normal Superior. Em 1861 e 1862, Pasteur publicou experiências contrárias às alegações então apresentadas em favor da geração espontânea. A Academia de Ciências da França concedeu-lhe o Prêmio Jecker em 1861 por suas pesquisas sobre fermentações. Em 1862, foi eleito para a Academia de Ciências da França, na seção de mineralogia, substituindo Henri Hureau de Senarmont. Em 1863, iniciou o estudo das alterações do vinho, inclusive da formação do vinagre, e publicou um trabalho sobre o assunto em 1866.
Fontes: pt.wikipedia.org
Em outubro de 1865, o barão Haussmann criou uma comissão para estudar a causa do cólera e as medidas para combatê-lo e nomeou Pasteur para integrá-la, junto com Dumas (presidente), Claude Bernard (doente, participaria apenas a distância), Sainte-Claire Deville e Pelouze. Os cientistas procuraram no ar a causa do contágio; John Snow, porém, já havia apontado a água como veículo de transmissão em um trabalho publicado em 1855. A comissão não encontrou o microrganismo causador da doença, identificado em 1854 por Filippo Pacini. Na Escola Normal Superior de Paris, onde predominavam as ideias republicanas, Pasteur, próximo de Napoleão III, enfrentou a oposição de colegas e estudantes, o que o levou a renunciar, em 1867, às funções de administrador. Recebeu uma cátedra em Sorbonne e a École Normale atribuiu-lhe a direção de um laboratório de química fisiológica criado especialmente para ele. Seus estudos sobre as doenças dos bichos-da-seda, realizados de 1865 a 1869 a pedido de seu antigo professor Jean-Baptiste Dumas, estabeleceram meios de prevenir a pebrina pela seleção dos ovos e a flacherie por medidas de higiene, embora a produção de seda não tenha retornado imediatamente aos níveis anteriores às epidemias. Durante esses estudos, morou em Pont-Gisquet, perto de Alès. Nesse período, sofreu um acidente vascular cerebral que o deixou com hemiplegia: perdeu o uso da mão esquerda e passou a se locomover com dificuldade. Em 1868, tornou-se comandante da Legião de Honra. No mesmo ano, a Universidade de Bonn concedeu-lhe o título de doutor honoris causa em medicina.
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Em 1869, hospedou-se por algum tempo em Saint-Hippolyte-du-Fort durante as pesquisas sobre as doenças dos bichos-da-seda, antes de voltar à propriedade de Pont-Gisquet. A derrota francesa de 1870 e a queda de Napoleão III foram um duro golpe para Pasteur, que afirmou que a história se lembrará bem do imperador. A Assembleia Nacional Francesa aprovou uma recompensa por seus trabalhos, que tiveram consequências econômicas consideráveis. Em 25 de março de 1873, foi eleito “membro associado livre” da Academia de Medicina,. Em 1874, suas pesquisas sobre fermentação lhe renderam a Medalha Copley, concedida pela Royal Society de Londres. Tendo perdido o apoio financeiro da corte em 1870, Pasteur abriu um negócio. Ele registrou duas patentes em 1871 e 1873 sobre a fabricação de cerveja e as colocou à disposição de uma empresa em troca de 20% dos lucros. Em 1876, Pasteur candidatou-se ao Senado da França, sem se eleger. Partiu para Clermont-Ferrand, onde estudou problemas de conservação da cerveja com seu antigo preparador Émile Duclaux, e concluiu seus estudos sobre fermentação com a publicação de um livro: Les Études sur la bière. Em 1878, tornou-se grande oficial da Legião de Honra. Em 11 de dezembro de 1879, Louis Pasteur foi eleito por unanimidade para a Academia Veterinária Francesa. Em 1881, a equipe de Pasteur desenvolveu uma vacina contra o antraz em ovelhas, após estudos iniciados em 1877.
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Em 1882, foi admitido na Academia Francesa. Em seu discurso de posse, aceita o epíteto “positivista” para a ciência experimental, no sentido de que o seu domínio é causas secundárias e por isso se abstém de especular sobre causas primeiras e sobre a essência das coisas, mas critica Auguste Comte e Émile Littré por terem querido impor esta abstenção a todo o pensamento humano. Defende o espiritualismo filosófico e celebra “as duas santidades do Homem-Deus”, que vê unidas no casal que o agnóstico Littré formou com a sua esposa cristã. Em seguida, comentou a origem grega da palavra “entusiasmo”, associando-a à ideia de uma divindade interior. Em 29 de dezembro de 1883, recebeu a Ordem do Mérito Agrícola por seus trabalhos sobre o vinho e a fermentação. Também participava regularmente das reuniões do Círculo Saint-Simon. A aplicação da vacina antirrábica desenvolvida por Pasteur e seus colaboradores em 1885 rendeu a Pasteur sua consagração. A Academia de Ciências da França atribuiu-lhe o Prêmio Jean-Reynaud do Instituto de França em 1886, saudando “a emoção produzida na Academia e, logo depois, em todo o mundo, pela comunicação” pela qual, poucos meses antes, Pasteur anunciou os resultados do caso Joseph Meister. A Academia recompensou essas pesquisas e as considerou “uma das mais belas obras que a ciência já registrou”.
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